정부가 25일 내놓은 세제개편안은 대기업의 각종 세제를 대대적으로 개편하는 내용을 담고 있다.

단순 보조금처럼 관행화된 세제 지원을 과감히 없애는 대신 연구.개발(R&D)이나 녹색성장 등 신성장동력을 육성하기 위한 새로운 지원책을 대폭 마련함으로써 세제라는 수단을 통해 미래성장 잠재력을 키우겠다는 것이다.

정부는 1982년 도입돼 8년을 제외하고 20년간 운영돼온 임시투자세액공제 제도를 없애기로 했다.

연간 감면규모가 2조 원에 달하는 임투세액 공제제도는 10개 대기업이 전체의 54%를 차지할 정도로 대표적인 대기업 수혜 정책으로 꼽힌다. 하지만 기업에 대한 단순보조금 성격으로 변질해 애초 도입 취지를 제대로 살리고 있지 못하고 있다는 것이 정부 판단이다.

대법인에 대한 최저한세를 강화한 것도 대기업 입장에선 세 부담이 늘어나는 요인이다. 현재 각종 감면으로 법인세 납부세액이 최저한세액(감면전 과표×최저한세율)보다 낮은 경우 최저한세액을 법인세로 납부토록 한 조항을 대기업과 중소기업에 차등적용키로 한 것이다.

구체적으로 보면 중소기업 및 과표 100억 원 이하 기업은 애초 계획대로 최저한세율이 현행 8%, 11%에서 내년에는 7%, 10%로 각각 인하된다.

하지만 100억 원 초과~1천억 원 이하 대법인의 최저한세율은 현행 11%에서 13%로, 1천억 원 초과 대법인의 최저한세율은 현행 14%에서 15%로 올라가 2008년 수준으로 환원된다. 1천여 개 대기업이 적용대상이다.

금융기관의 채권 이자소득에 대한 법인세 원천징수를 부활하는 것은 금융기관에 부담이 될 것으로 보인다.

이 제도 부활을 통해 내년에만 5조2천억 원의 세금이 더 걷히지만 2011년 법인세 신고시 원천징수세액을 공제하기 때문에 실질적인 세 부담 증가는 없다는 것이 재정부의 설명이다. 당초 2011년 징수할 부분을 2010년에 앞당겨 받는 것이기 때문이다.

정부는 이처럼 대기업에 대한 기존 세제 지원책을 폐지 또는 축소하는 대신 정책적으로 육성할 분야의 지원책을 대폭 마련했다.

신성장동력 및 원천기술 분야의 연구.개발(R&D) 세액공제를 신설키로 한 것이 대표적이다. 이들 분야의 R&D 비용에 대한 세액공제율을 세계 최고 수준인 각각 20%, 25%(중소기업은 30%, 35%)로 적용해 적극적인 연구.개발 투자를 유도하겠다는 것이다. 재정부는 이 제도를 통해 8천억 원의 세제지원이 이뤄질 것으로 추정했다.

또 연구 및 인력개발설비 투자세액공제, 중소기업 기술취득비용 세액공제, 연구개발출연금 수령 과세특례의 일몰을 각각 3년간 연장키로 했다.

대용량 에너지 다소비품목에 대한 개별소비세 과세, 녹색금융 세제지원 신설, 에너지 절약시설 투자세액공제 대상의 확대도 정부의 중점 정책인 저탄소 녹색성장을 세제로 뒷받침하겠다는 뜻이 담겨 있다.

특히 정부는 지난해 국회를 통과한 법인세 2단계 인하가 내년 시행될 경우 대기업의 세 부담 완화에 상당한 도움을 줄 것으로 기대하고 있다.

법인세는 과표 2억 원 이하 구간의 세율이 13%에서 올해 11%로 인하된 데 이어 내년에 10%로 1%포인트 추가 인하되고, 2억 원 초과는 작년 25%에서 올해 22%, 내년 20%로 차례로 낮아진다.

정부는 내년에 법인세 최고세율이 인하되면 기업들이 2년간 3조2천억 원의 세 부담을 덜 것으로 보고 있다.