대다수 중소기업이 국세청과 지방자치단체 간 중복 세무조사 가능성에 부담을 느끼는 것으로 조사됐다.

중소기업중앙회는 중소기업 525곳을 대상으로 실시한 '2017 중소기업 세제세정 이용 및 애로 실태조사' 결과 이같이 나타났다고 27일 밝혔다. 2013년 지방세법 개정에 따른 국세청과 지자체 간 중복 세무조사 가능성에 대해 전체 조사기업의 91%(매우 부담 50.3%·조금 부담 40.8%)가 부담을 느낀다고 답했다.

개선방안으로는 '국세청·지자체 간 조사계획 사전 공유 및 협의를 통한 중복세무조사 방지'(47.6%), '국세청 혹은 지자체로부터 세무조사를 받은 기업은 일정 기간 양측으로부터 중복세무조사 금지'(45.5%) 등이 제시됐다.

아울러 최근 5년 내 세무조사를 경험한 중소기업 101곳 중 46.5%는 이전보다 세무조사가 강화됐다고 응답했다. 이전과 비슷한 수준이라고 응답한 비율은 49.5%였고 이전보다 세무조사가 약화됐다고 응답한 비율은 1%였다.

응답자들은 올해 세제 개편 내용 중 가장 도움이 될 것으로 예상되는 조세지원제도로 '중소기업 특별세액감면과 다른 고용지원 세액공제 간 중복적용 허용'(34.3%)을 1위로 꼽았다.

중소기업 특별세액감면은 감면효과가 크고 적용이 간편해 가장 많은 중소기업이 활용하는 제도지만 다른 조세지원제도와의 중복적용이 안 된다는 단점이 있었다.

그러나 세법 개정으로 내년부터 신설 고용증대세제, 중소기업 사회보험료 세액공제와의 중복적용이 허용된다.

중기중앙회 관계자는 "최저임금 인상, 근로시간 단축 등으로 고용절벽이 우려되는 상황에서 정부가 고용 관련 지원 세제를 신설한 것은 매우 긍정적"이라며 "정부가 고용 창출 등에 미치는 영향을 지속적으로 모니터링해 중소기업 지원 세제가 개선되길 바란다"고 말했다.