농협에서 중앙회의 영향력은 막강하다. 의사결정에 중앙회의 개입이 있다. 중앙회의 입김 반영이 늘 있고 이에 독립적 의사결정이 불가능하다. 이 때문에 농협중앙회는 늘 비판의 대상이 되고 있다. 농협이 달라지기 위해서는 중앙회가 변해야만 한다는 얘기가 늘상 나온다.
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농협은 중앙회에 집중된 퇴행적 지배구조를 가지고 있다. 이에대해 국회 국정감사를 통해 지적되기도 한다. 총체적 난국 수준의 방만경영이 이어지고 있다고 지적되고 심각한 도덕적 해이가 있다는 비판적 언급이 나오기도 한다. 매년 지출하는 이자비용이 오르는 상황 속에서 연봉 1억 이상을 받는 중앙회 임직원이 늘어나고 있다는 점이 지적되기도 한다. 성과급 지급에 대한 부분도 비판을 받는다. 중앙회의 재무구조가 악화되고 있는 상황 속에서도, 경제·금융사업 모두 성과실적이 부진하다는 평가를 받음에도 고액 연봉자가 증가하고 있다는 것이 문제라는 지적이었다.

중앙회 입김 반영과 관련해서는 중앙회 개입으로 계열사의 전문성과 책임성이 결여 돼 전체 수익성이 지속적으로 악화된다는 지적을 받고 있다. 농협은 경제지주와 금융지주로 구분 돼 있고 각 지주는 중앙회가 지분을 100% 소유하고 있다. 특히, 경제지주는 이사의 절반 이상이 중앙회 이사를 겸직하면서 경영에 크게 개입하고 있다. 어떤 계획이 있을 때 경제지주 이사회 뿐만 아니라 중앙회 이사회의 의결도 받아야 되는 상황이 전개되는 것이다. 이에 대해 "전문성이나 책임성이 없다"라고 지적된다.

​올 해 차기 은행장에 선임된 권준학 행장은 전에는 중앙회 기획조정본부 상무로 있었다. 차기 은행장 선임 당시 권 행장을 포함 3명이 물망에 올랐었는데, 나머지 2명은 중앙회 소속이 아니었다. 권 행장은 중앙회 소속 임원이었기 때문에 그의 행장 선임은 이미 예정된 것으로 비춰지는 상황이 됐었다.

농협에서는 중앙회장이 교체되면 물갈이 인사가 단행되는 구조를 가지고 있기도 하다. 4년마다 중앙회장이 교체되고 그에 따라 중앙회와 농협금융 계열사 주요 간부들의 줄사표가 벌어진다. ​​농협은 중앙회가 지배구조의 최정점에 있고 중앙회장의 의중은 전 농협금융 8개 계열사의 인선을 좌우한다. 중앙회장은 막강한 권한을 가지고 있어, 대의원회나 이사회에서 중앙회장이 하려는 일을 반대하는 일이 없다고 알려진다. 중앙회장은 과거 감옥에 자주 들어갔다. 비자금 조성, 뇌물수수 혐의로 구속되는 일이 벌어졌다.

농협의 태생적 배경은 협동조합이다. 계열사들이 중앙회의 입김에 시달린다는 것, 더불어 전문성 결여 현상이 나타나는 것 등에 대해 해결이 시급하다는 지적이 반복해 나오고 있다.

<사진=박성민 기자>