올해부터 모든 기업에 적용되는 '결손금 이월공제' 기간이 현행 10년에서 15년으로 확대된다. 기업을 대상으로 하는 모든 세액공제의 이월공제 기간이 일괄적으로 10년으로 늘어난다.

정부는 이런 내용의 기업세제 개편안을 담은 2020년 세법개정안을 22일 발표했다. 우선 정부는 신종 코로나바이러스 감염증(코로나19)으로 피해를 본 기업을 지원하기 위해 모든 기업을 대상으로 결손금의 이월공제 기간을 현행 10년에서 15년으로 확대한다.

당해연도에 발생한 결손금을 향후 15년간 법인세 또는 소득세를 납부할 때 소득에서 공제받을 수 있다는 의미다.

바뀐 제도는 올해 발생하는 결손금부터 적용된다.

이와 함께 정부는 조세특례제한법상 기업을 대상으로 하는 투자, 고용, 연구개발(R&D) 등 모든 세액공제의 이월공제 기간(현행 5·7·10년)을 일괄적으로 10년까지 늘린다.

기업 결손 등으로 납부세액이 없거나 최저한세 적용으로 당해연도에 공제받지 못한 세액공제를 10년간 이월해 공제가 가능하도록 한 것이다.

이는 사업 초기에 대규모 투자가 필요하나 이익 발생까지 장기간이 소요되거나, 기업실적 악화 등으로 결손이 발생한 경우에도 충분히 공제받을 수 있도록 지원하려는 취지다.

기재부는 "코로나19로 인해 기업 경영실적이 악화돼 5년 안에 이월공제를 받기가 더 어려워질 가능성을 감안했다"고 설명했다.

정부는 올해 말 기준으로 이월공제 기한이 도래하지 않은 세액공제에도 이를 적용해줄 방침이다. 예컨대 2015년 과세연도에 투자한 투자세액공제에 대해서도 10년간 이월공제를 적용해준다.

아울러 정부는 기업의 국외 원천소득에 대한 이중과세를 방지하기 위해 도입한 외국납부세액공제 제도의 이월공제 기간을 현행 5년에서 10년으로 연장한다.

10년 안에 공제받지 못한 외국납부세액 공제액에 대해서는 손금산입(비용처리 인정)을 허용해 기업의 법인세 부담을 줄여준다.

코로나19 위기로 어려움을 겪고 있는 해외 진출기업들이 국내 소득의 결손 또는 국외 원천소득의 감소가 장기간 지속될 것에 대응해서 국제거래에 대한 이중과세 조정을 도와주려는 취지다.

이외에 정부는 한국판 뉴딜 지원을 위한 공모 인프라 펀드 세제 지원을 신설한다.

SOC(사회간접자본) 투자를 통해 '한국판 뉴딜'에 기여하는 민간 투자자들을 지원하기 위해 공모 인프라 펀드 투자자에 대해서 1억원 한도로 '배당소득 분리과세'(14% 원천징수로 납세의무가 종결되고 종합소득 합산 배제)를 적용하는 특례를 신설한다.

기업 R&D 세제 지원도 확대된다. 정부는 중소기업의 전략적인 연구개발을 지원하기 위해 중소기업의 특허 조사분석 비용을 R&D 비용(연구·인력개발비) 세액공제 대상에 포함하기로 했다.

해외 진출기업의 국내 복귀를 유도하기 위해 국내로 복귀한 유턴 기업에 대한 세제 지원 요건도 완화했다.

국내 복귀 전에 해외사업장의 생산량을 50% 이상 감축해야 하는 요건을 폐지하고, 유턴에 따른 세제지원 규모가 해외사업장의 생산량 감축 수준에 비례하도록 제도를 설계했다.

외국인 우수 인력의 국내 유입을 지원하기 위해 외국인 기술자에 대해 5년간 소득세 50% 감면 제도의 인력 요건은 강화하되, 취업기관 범위는 확대했다.

정부는 벤처 기업 투자 활성화를 위해 엔젤투자 소득공제, 창업자 등에 대한 출자주식 양도세·증권거래세 비과세 적용 기한을 2년 연장한다.