미국 마이크로소프트(MS)가 한국 세무당국에 낸 6천여억원의 세금을 돌려달라고 청구한 것으로 알려졌다.

그러나 국세청은 환급해주기 어렵다는 방침을 내세운 것으로 알려지면서 해당 법인세를 둘러싼 논쟁이 향후 소송으로 이어질 전망이다.

22일 관련 업계와 세무당국에 따르면 MS는 특허 사용료에 부과된 법인세 6천340억원을 돌려달라며 지난달 국세청에 경정청구를 했다.

문제가 된 법인세는 국내 제조업체인 삼성전자를 통해 원천징수로 납부됐다.

삼성전자가 스마트폰과 PC 등 IT 제품을 만드는 과정에서 MS 특허를 사용한 대가로 1년에 1조원 정도의 특허료를 지불하는데, 이를 MS에 주기 전에 국내 세법과 한국-미국 간 조세조약 등에 따라 최대 15%를 떼어 국세청에 미리 납부한 것이다.

이에 대해 MS는 미국 당국에만 세금을 내면 되는 만큼 한국 당국이 법인세를 따로 거둬가는 것은 '이중과세'라는 입장을 내비친 것으로 전해졌다.

한 IT업계 관계자는 "한국과 미국의 조세조약에 따라 한 나라에만 세금을 내면 된다. 대법원에서도 이중과세를 지적하는 판결을 내린 적이 있다. 두 나라에 모두 세금을 낸다고 하면 기업을 할 수가 없다"고 설명했다.

국내에 등록되지 않은 특허의 사용 대가에 법인세 원천징수를 할 수 없다는 대법원의 1992년 판례도 MS가 내세우는 근거로 알려졌다.

반면 국세청은 국내 기업이 MS 특허를 사용할 때에는 특허 등록지역과 상관없이 대가를 지불하는 만큼 이에 대한 세금 부과도 정당하다는 법리 해석을 내놓고 있다.

2008년 법인세법이 개정되면서 외국 특허가 국내 제조·판매 등에 쓰였을 때는 국내에서 사용된 것으로 규정하고 있는 것도 법인세 부과를 정당화하는 근거다.

국세청이 이를 토대로 MS의 청구를 받아들이지 않을 것이라는 관측이 나오면서 향후 MS가 법원에 소송을 제기할 가능성이 커졌다.

한 세무업계 관계자는 "기존 판례만 주장하면 국내에서 이뤄진 경제활동에 대해 정당한 과세조차 하지 못하게 돼 국부유출이 계속 이뤄질 것으로 우려된다"면서 "특허 사용료 과세 문제와 관련한 국제 조세조약이 애매하게 규정된 부분이 있는 만큼 이에 관련한 해석 등을 좀 더 정교하게 다듬을 필요가 있다"고 지적했다.