국세청이 세무조사를 하는 과정에서 조사대상을 합리적으로 선정하지 않거나 조사결과를 뒤늦게 통보해 납세자가 가산세까지 부담하게 되는 등 문제점이 발견돼 감사원으로부터 지적을 받았다.

감사원은 지난해 10월부터 11월까지 국세청과 기획재정부, 조세심판원 등 3개 기관을 대상으로 '세정 신뢰도 개선실태'에 대해 감사를 실시한 결과 이같이 나타났다고 22일 밝혔다.

감사 결과에 따르면 국세청은 매년 법인사업자의 정기세무조사 제외대상자를 선정하면서 단위농협 등 290개 조합법인을 특별한 이유 없이 10년 이상 세무조사 대상에서 제외했다.

단위농협 등 조합법인은 분식회계를 통한 비자금 조성과 횡령 등 회계비리가 빈번한데도 세무조사를 하지 않아 정기적으로 세무조사를 하는 공익법인과 비교할 때 공정성이 떨어진다는 게 감사원의 지적이다.

이와 함께 2008년 개인사업자 정기세무조사 대상 선정시 무작위 추출 모집단을 '부동산 임대업자'로 국한하고, 오히려 신고성실도가 높은 49%의 사업자를 선정해 성실납세자를 역차별한 사례도 있는 것으로 나타났다.

서울지방국세청 등 3개 지방국세청의 경우 2007∼2008년 6458개 업체에 대한 세무조사 업무를 처리하면서, 조사대상 과세기간을 확대할 경우 받도록 돼있는 납세자보호위원회 등의 승인 없이 임의로 1134개 업체의 조사대상 과세기간을 확대해 조사하기도 했다.

또 금융거래 조회 및 조사 때 받아야 하는 조사국장의 승인 없이 142개 업체의 금융거래를 조회하고 승인받은 168개 업체의 조회기간을 임의로 확대하기도 했다. 세무조사 결과는 7일 이내에 납세자에게 통보해야 하는데도 1299개 업체에 대해서는 조사 결과 통지기한으로부터 최장 397일이 지난 뒤 조사 결과를 통지해 납세자가 가산세 등 추가부담을 지게 되는 경우도 있었다.

기획재정부의 경우 저소득계층의 경우 이자·배당소득을 분리과세하는 경우보다 종합과세하는 경우 세부담을 줄일 수 있는데도 이자·배당소득이 4000만원 이하인 경우에 대해 일괄적으로 분리과세만 하도록 돼있는 점도 문제점으로 제기됐다.

조세심판원장의 경우 조세심판관회의에서 심리·결정된 365건에 대해 법령상 근거가 없는 재심의를 요구하도록 해 사건 처리를 장기화하기도 했다.

이에 대해 감사원은 국세청에는 조합법인이 세무조사 대상에서 장기간 제외되는 일이 없도록 선정지침에 반영하는 방안을 마련하고 조사대상 과세기간 확대, 금융거래정보 조회, 세무조사 결과 통지에 대한 지도·감독 방안을 마련할 것 등을 통보했다.

 

아울러 기획재정부에는 이자·배당소득 4000만원 이하인 경우에 대한 종합과세 선택권 부여 방안을 마련하고, 조세심판원에는 심판부의 결정에 대해 법령상 근거가 없는 재심의를 요구하는 일이 없도록 할 것 등을 촉구했다.