앞으로 대기업은 4년마다 한 번씩 세무조사를 받게된다. 중소기업 경우는 납세신고 성실도에 따라 세무조사 여부가 결정된다.
 
국세청은 14일 서울 본청에서 전국 6개 지방국세청장과 107개 세무서장, 해외주재관이 참석한 가운데 전국세무관서장 회의를 열어 이 와 같은 '국세행정 변화방안'을 공식 발표하고, 오는 9월부터 추진하기로 했다.

백용호 국세청장은 회의를 주재하는 자리에서 "국세청에 대한 국민의 신뢰가 무너진 원인은 공정하지 못한 인사, 도덕성과 청렴성 문제, 조사와 관련된 불필요한 오해에서 비롯됐다"고 통감했다.

이어 "세무행정의 생산성과 효율성을 증진시키고 납세 서비스를 증진시킬 수 있는 방안을 고민해 발표하게 됐다"고 추진 배경을 밝혔다.

국세청이 이날 발표한 방안에 따르면, 세무조사의 예측가능성을 높이고 조사권 남용을 견제하기 위해 세무조사 체계가 달라진다.

대기업은 4년 주기로 순환조사(정기 세무조사)를 받게 되고 중소기업은 신고 성실도 평가원칙에 따라 조사대상이 정해진다.

또한 국세청은 세정운영의 투명성 제고를 위해 감사관, 납세자보호관, 전산정보관리관 등 본청 국장 3개 직위를 개방해 외부 인사를 본청으로 영입할 방침이다.

이 중 납세자보호관은 조사권 남용에 의한 납세자 권리 침해를 방지할 목적으로 도입되는 직위로, 임기제로 운영되며 기관장으로부터 업무상 독립해 납세자 입장을 대변하게 된다.

또 지방청 조사조직은 조사 관리부서와 집행부서로 분리돼 내부견제를 강화했다. 세무조사가 정치적으로 악용되는 것을 원천적으로 봉쇄하기 위해서다.

백 청장은 "지금이 국민의 신뢰를 회복할 마지막 기회"라며 "제도 개선안을 마련했지만 더 중요한 것은 국세청 직원, 특히 고위직의 의식변화"라고 강조했다.

이어 "국민이 신뢰할 수 있는 국세청으로 거듭나도록 노력하자"며 "제도개혁과 의식변화, 변화하는 환경에 대한 능동적 자세가 결합된다면 국민이 바라고 신뢰하는 국세청으로 거듭날 것으로 확신한다"고 밝혔다.