2020년 이후에는 똘똘한 한 채를 팔 때 2년 이상 거주했어야 양도소득세를 최대 80% 깎아주는 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다. 조정대상지역 일시적 2주택자는 지난달 14일 이후 신규주택 취득분부터 기존 3년이 아닌 2년 이내에 종전 주택을 팔아야 양도세 비과세 혜택을 받을 수 있다.

정부는 16일 국무회의에서 9·13 주택시장 안정대책 후속조치로 이같이 1가구 1주택자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하고, 주택임대사업자에 대한 과도한 세제 혜택을 조정하는 내용의 소득세법·종합부동산세법·조세특례제한법 시행령 개정안을 의결했다고 밝혔다.

이들 개정안은 대통령 재가와 공포절차를 거쳐 지난달 14일부터 소급 적용된다.

개정안에 따르면 이른바 '똘똘한 한 채'로 불리는 실거래가 9억원 초과 1주택 보유자가 2020년 1월 1일 이후 해당 주택을 팔 때 2년 이상 거주한 경우에 한해 장기보유특별공제를 받을 수 있다.

장기보유특별공제는 보유 기간에 따라 양도소득세를 공제해주는 제도로, 10년 이상 보유하면 최대 80%를 깎아준다. 2년 미만 거주한 경우 15년 이상 보유해야 최대 30%를 깎아주는 일반 장기보유공제를 적용받는다.

지금까지는 거주기간 요건 없이 장기보유특별공제를 받을 수 있었다. 정부는 1주택자의 신뢰 이익 보호를 위해 1년 적용 유예기간을 설정했다.

지금까지는 3년 이내에만 양도하면 비과세 혜택을 받을 수 있었으나 조정대상지역에서 종전주택이 있는 상태에서 지난달 14일 이후 신규주택을 취득한 일시적 2주택자는 2년 이내에 종전주택을 양도해야 양도세 비과세 혜택을 받을 수 있다.

지난달 13일 이전 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 분양권이나 조합원 입주권을 취득했거나, 취득하기 위한 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우 종전과 같이 3년 이내에 양도하면 비과세 혜택을 받을 수 있다.

조정대상지역 신규취득 임대주택에 대한 세제 혜택은 축소된다.

지난달 14일 이후 1주택 이상을 보유한 1가구가 조정대상지역에 주택을 새로 취득한 경우 임대등록을 하더라도 양도세가 중과(2주택자는 10%포인트, 3주택 이상은 20%포인트)되고, 종합부동산세는 합산 과세된다.

지난달 14일 이후 새로 취득한 임대주택은 임대를 개시할 때 공시가격이 수도권은 6억원, 비수도권은 3억원 이하인 경우에 한해 양도세가 감면된다.