민간임대주택사업자는 의무임대기간 중 절반만 채워도 양도소득세 면제 혜택을 받을 수 있다. 임대등록이 말소되기 전 종합부동산세(종부세)는 물론 소득세ㆍ법인세 감면 혜택도 유지된다.

의무임대기간을 채우기 전 등록말소하는 경우에도 그간 감면해 준 세금을 추징하지 않는다.

기획재정부는 7일 이런 내용을 담은 '민간임대주택특별법 개정에 따른 임대주택 세제지원 보완조치'를 발표했다.

임대사업자 세제 혜택을 대폭 축소하는 내용의 '민간임대주택특별법 일부개정안'이 지난 4일 국회 본회의를 통과한 뒤 기존 민간 임대사업자들로부터 '소급 적용'이라는 반발이 커졌다. 이에 정부가 일부 보완책을 내놓은 것이다.

개정안은 각종 세금을 감면받을 수 있었던 민간임대주택 제도를 대폭 축소하는 내용이다. 4년 단기 민간임대주택 제도는 없애고 8년 장기 민간임대주택도 아파트 부문은 폐지하기로 했다. 기존 임대사업자는 의무임대기간(4년, 8년)이 지나면 자동으로 등록이 말소가 된다.

그런데 세금 혜택을 받을 수 있는 기준(세법)과 민간임대주택 특별법 기준이 달라 논란이 되었다.

소득세ㆍ법인세ㆍ종부세 감면 혜택이 적용되는 단기임대 기준은 5년인데 특별법상으로는 4년이다. 특별법 개정안에 따라 4년 만에 단기 임대등록이 자동으로 말소되면 세법상 5년 기준을 채우지 못해 감면받은 세금을 다시 내야 하는 것이 아니냐를 우려한 임대사업자들의 반발이 커졌다.

우선 정부는 이번에 폐지한 단기 임대(4년)와 아파트 장기 매입임대(8년)에 대해서 임대등록기간에 받은 임대소득에 대한 소득·법인세 및 임대주택 보유에 대한 종부세 세제 혜택을 유지해주기로 했다.

그간 민간 임대사업자들에게 제공돼 왔던 ▲ 임대 소득에 대한 분리과세 시 필요경비 우대 ▲ 등록임대주택 중 소형주택에 대한 소득세·법인세 감면 ▲ 등록 임대주택에 대한 종부세 비과세 등 세제 혜택을 '임대등록일부터 자진·자동 등록 말소일'까지는 유지해주기로 한 것이다.

아울러 정부는 의무 임대기간을 채우기 전 다주택 해소를 위한 주택 매각으로 자진해서 등록을 말소하거나 의무기간이 만료돼 자동 등록 말소되는 경우에도 그동안 감면받은 세금을 추징하지 않기로 했다.

이와 관련, 단기임대주택이 4년으로 말소돼 5년 요건을 채우지 못하는 경우나 장기 임대주택이 임대등록일과 사업자등록일이 달라 8년 요건을 채우지 못하는 경우도 이번 조치로 구제 대상이 된다.

재건축·재개발로 인해 등록이 말소돼 재등록이 불가능한 경우도 종부세, 양도세 등을 추징하지 않는다.

정부는 임대사업자가 거주하고 있는 주택을 매각하더라도 의무 임대기간의 절반 이상을 채웠다면, 다주택자에게 적용되는 양도소득세 중과(현재 10∼20%포인트)가 적용되지 않도록 했다.

이는 다주택자가 집을 팔고 싶어도 등록 임대주택의 의무임대기간 요건이 있어서 정작 집을 팔 수 없게 돼 있는 등 정책의 앞뒤가 맞지 않는 문제를 해소한 것이다.

우선 정부는 자진·자동 등록말소로 인해 의무임대기간을 충족하지 않고 임대주택을 양도하는 경우에도 다주택자 양도세 중과 또는 법인세 추가 과세를 하지 않기로 했다.

다만, 정부는 자진 말소의 경우 임대주택 등록 말소 후 1년 이내에 집을 파는 경우에만 양도세 중과를 배제해준다.

아울러 정부는 자진·자동 등록말소로 인해 의무임대기간을 채우지 않았더라도 임대사업자가 거주하던 주택을 임대주택 등록말소 후 5년 이내에 팔 경우 '1세대 1주택 양도세 비과세'를 인정해주기로 했다.

특히 정부는 이미 양도세 비과세 혜택을 적용받아 거주 주택을 처분한 뒤 임대 주택이 자진·자동 등록말소되는 경우에도 양도세를 추징하지 않기로 했다.

정부는 대책 발표 다음 날인 7월 11일 이후 등록분에 대해서는 민간 임대사업자에게 주던 각종 세제 혜택을 주지 않겠다고 재확인했다.

정부는 이날 발표한 보완조치를 입법예고, 국무회의, 차관회의 등을 거쳐 시행할 예정이다. 이중 법 개정이 필요한 부분은 소득세법·조세특례제한법 개정안을 마련해 9월 초 국회에 제출한다.